Основу программного обеспечения, используемого в учебном процессе Шадринским государственным педагогическим университетом, составляет российское программное обеспечение, входящее в Единый реестр российских программ для электронных вычислительных машин и баз данных. Порядка 400 компьютеров в учебных аудиториях переведены под управление операционной системы Альт Образование. ФГБОУ ВО ШГПУ обеспечивает обучение по целому ряду направлений подготовки СПО, бакалавриата, магистратуры и аспирантуры, при этом наиболее активно компьютерные классы используются в рамках инженерно-технического и педагогического направлений. В обучении применяются средства разработки (QT-Creator, CodeBlocks, Geany, Lazarus, Eclipse, Arduino IDE, MonoDevelop и др.) на различных языках программирования (C, C++, FreePascal, PHP, Python3, Java и др.), средства виртуализации (VirtualBox, OpenVZ, KVM/QEMU и др.), сетевого взаимодействия (OpenSSH, Apache2, Nginx, Squid, Chromium, Mozilla Firefox и др.), графические редакторы и утилиты (Gimp, Krita, Inkscape, ImageMagic и др.), средства видео и аудио-монтажа (Audacity, Kdenlive, OpenShot, ffmpeg и др.), двухмерного и трехмерного моделирования (LibreCad, FreeCad, qCad и др.), разнообразное мультимедийное и офисное программное обеспечение (Blender, OBS-Studio, VLC, Dia, LibreOffice, ProjectLibre и др.).